Secondo la leggenda, Giovanni di Giovanni di Fidanza, benché il padre fosse un medico, fu guarito da una malattia infantile solo grazie ad un miracolo operato da san Francesco di Assisi, il quale avrebbe sottolineato l’accaduto con l’esclamazione: “Oh, bona ventura!”, locuzione che da quel momento per Giovanni fu una sorta di soprannome.

Sull’attendibilità di questa storia gli studiosi nutrono non pochi dubbi, anche se è vero che tra il 1218, anno in cui presumibilmente Giovanni nacque, e il 1226, anno della morte del poverello di Assisi, i due si sarebbero davvero potuti incontrare, visto che Ritella, madre di Giovanni, era molto devota a san Francesco e aveva voluto che il figlio frequentasse le scuole proprio nel convento dei Frati Minori di Bagnoregio.

Quello che invece è certo è che fu lo stesso Giovanni a volersi chiamare frate Bonaventura quando, studente delle facoltà di arti e di teologia alla Sorbona di Parigi, decise di prendere i voti entrando nel 1243 proprio nell’Ordine dei Frati Minori. Conseguito negli anni seguenti il baccalaureato, Bonaventura si dedicò all’insegnamento, trovandosi però al centro di una polemica nata nel secolo XII, quando la Chiesa si era espressa contro i movimenti religiosi popolari e pauperistici, condannandoli come eretici. Così, quando gli eredi di quegli ordini mendicanti penetrarono nelle università e costituirono proprie scuole, l’ostilità del clero crebbe a dismisura, tanto che spesso si mise in dubbio la possibilità per i maestri “mendicanti” di accedere alla professione dell’insegnamento, come invece facevano i loro omologhi “secolari”.

Fu solo nel 1255 che Bonaventura poté dedicarsi a pieno titolo all’insegnamento, e la sua fama attirò a Parigi studenti che, da tutte le parti d’Europa, volevano assistere alle lezioni di quello che ormai era noto come il doctor seraphicus, e che dal 1257 poté fregiarsi del titolo di magister. La sua carriera accademica si interruppe però proprio in quell’anno, perché incompatibile con la nuova carica conferitagli dal suo stesso ordine, quella di Ministro Generale dell'Ordine Francescano.

Accantonati gli studi, Bonaventura si dedicò al suo nuovo compito con tanto zelo ed efficacia da essere oggi considerato il “secondo fondatore” dell’Ordine dei Frati Minori. Diede un contributo fondamentale alla stesura delle Costituzioni Narbonensi, su cui si basarono tutte le successive costituzioni dell'Ordine, e scrisse una nuova biografia di san Francesco d’Assisi, la Legenda Maior che diventerà quella ufficialmente adottata dall’Ordine, e che fornì a Giotto l’ispirazione per il ciclo di affreschi della basilica di Assisi.

Tornò ad occuparsi di questioni didattiche e teologiche nell’ultima parte della sua vita, a partire dal 1267, intervenendo direttamente nei dibattiti filosofici che agitarono la Chiesa in quegli anni. Fu anche a Viterbo, più volte, in occasione del lunghissimo conclave dal quale uscì finalmente eletto il suo amico Gregorio X (che lo nominò poi cardinale) e partecipò attivamente ai lavori del Concilio di Lione, che aveva come scopo il ristabilimento della comunione tra la Chiesa Latina e la Chiesa Greca.

A questo compito Bonaventura dedicò le sue ultime energie perché proprio a Lione, durante lo svolgimento del Concilio, morì il 15 luglio del 1274 forse a causa di un avvelenamento, stando almeno a quanto affermò in seguito il suo segretario Pellegrino da Bologna.

Canonizzato dal papa francescano Sisto IV il 14 aprile 1482, fu nominato Dottore della Chiesa, il 14 marzo1588 da un altro francescano, papa Sisto V.