Miquel Josep Serra i Ferrer nacque a Petra, sull'isola di Maiorca, il 24 novembre del 1713 da una famiglia di contadini e frequentò le scuole del vicino convento francescano fino all'età di 17 anni, quando, rispondendo alla vocazione, chiese di entrare nell'Ordine Francescano.

Si trasferì quindi a Palma di Maiorca, dove nel settembre del 1731 prese i voti scegliendo il nome di frate Ginepro (Junipero nella sua lingua), come il compagno del santo di Assisi.

Brillante negli studi, arrivò ad essere lettore di filosofia prima ancora di essere ordinato sacerdote, e divenuto celebre per le sue predicazioni, ottenne in seguito anche la cattedra di professore di teologia e filosofia presso l'università di Maiorca.

Ma la vita accademica non lo soddisfaceva, e chiese così di trasferirsi in Messico, per dedicarsi alle missioni di evangelizzazione nei territori spagnoli di oltre Atlantico, dove giunse nel 1749. Anche qui le sue capacità di predicatore furono apprezzate, e per un po' di tempo insegnò al Collegio di San Ferdinando, a Città del Messico.

Il richiamo della vita missionaria era però più forte, e riuscì a farsi inviare nel nord del paese, sulla Sierra Gorda, dove rimase per nove anni, imparando la lingua degli indigeni e traducendo il catechismo. Fu durante questo periodo che, nel corso di uno dei suoi numerosi viaggi, rimase ferito dal calcio di una mula, cosa che non gli impedì di continuare a spostarsi, anche a piedi, da un insediamento all'altro. La chiesa di Santiago de Jalpàn, da lui costruita in quegli anni, rappresenta ancor oggi uno degli esempi architettonici dello stile barocco del Nuovo Mondo.

Richiamato a Città del Messico come maestro dei novizi e dei predicatori al Collegio Apostolico di San Ferdinando, vi sarebbe probabilmente rimasto se, nel 1767, Carlo III non avesse decretato l'espulsione dei gesuiti da tutti i possedimenti della Corona Spagnola.

Le missioni gesuitiche della Baja California vennero affidate ai francescani, e Junipero fu nominato superiore. Raggiunta, con altri 14 confratelli la Baja California, vi fondò dopo nemmeno due anni la sua prima missione, quella di San Diego (che è per questo ricordata come the birthplace of California), facendone la base per l'ulteriore penetrazione verso nord.

Nascono così, nonostante le frequenti incomprensioni con i capi militari della regione, altre missioni, come Santa Maria de Los Angeles (l'odierna Los Angeles), San Luis Obispo, San Juan de Capistrano (la cui cappella della missione, edificata nel 1782, è considerata l'edificio più antico esistente oggi in California), Santa Clara e, nel 1776, La Misión de Nuestro Padre San Francisco de Asís, cresciuta in seguito fino a diventare la città di San Francisco.

I contrasti con i comandanti militari nascevano dai metodi di evangelizzazione di Junipero, che consistevano nel far lavorare gli indigeni nelle missioni somministrando loro, all'occorrenza anche punizioni corporali (ai quali non erano abituati, specialmente i giovani) ed impedendo loro di allontanarsi dalla missione, anche con la forza. Questo metodi generavano malcontento, e in certi casi sfociarono in rivolte sanguinose, come quella che causò la distruzione della missione di San Diego.

Dopo averla ricostruita, Junipero si trasferì definitivamente a Monterey, che nel frattempo era diventata la capitale dello stato della California, dove trovò la morte a causa del morso di un serpente il 28 agosto del 1784, e dove è sepolto sotto il pavimento della chiesa della missione del Carmelo.

La Chiesa Cattolica lo celebra come "apostolo della California" il 28 di agosto. Il suo processo di beatificazione, concluso il 25 settembre 1988 da papa Giovanni Paolo II, ha incontrato l'opposizione di numerosi studiosi; in particolare il sociologo George Tinker, di origine Cherokee, pur riconoscendo a Junipero intenzioni oneste e sincere, ha contestato apertamente i suoi metodi violenti e coercitivi nei confronti delle popolazioni native americane.