Nata nel 1247 nel piccolo borgo di Laviano, nei pressi di Montepulciano, da una famiglia contadina, Margherita non ebbe quella che si definisce un'infanzia felice: sua madre infatti morì quando lei aveva appena sette anni, e il padre si risposò presto con una donna che dimostrò scarso affetto, se non addirittura aperta ostilità, nei confronti della figliastra.

Margherita crebbe così ribelle, inquieta, e come riferiscono le cronache dell'epoca, molto bella. Bella al punto di attirare, ancora adolescente, l'attenzione di un nobile poliziano, Arsenio della famiglia dei Del Pecora, titolare di molti possedimenti proprio intorno al borgo natìo di Margherita.

Invaghitosi della giovinetta, Arsenio la portò a vivere nel palazzo di famiglia non come moglie, cosa che le convenzioni sociali dell'epoca non avrebbero consentito per via della differenza di classe tra i due, ma come amante, e da lei ebbe anche un figlio. Nei dieci anni di convivenza, la coppia era solita passare molto tempo in una residenza di caccia nei feudi dei Del Pecora, dove ancora oggi si trova una cappella, ricavata dall'antica entrata del castello, dedicata alla santa.

Le reiterate promesse di matrimonio di Arsenio non erano tuttavia destinate a realizzarsi: nel 1273 il giovane, durante una battuta di caccia, fu aggredito e ucciso ad opera di sconosciuti. Messa in allarme dal ritorno del cane preferito di Arsenio, fu Margherita, guidata proprio dalla bestia, a trovare il corpo senza vita dell'amante.

La morte di Arsenio segnò profondamente la vita di Margherita: rifiutata dalla famiglia di lui e prostrata dal duro colpo del destino, la giovane donna decise infatti di restituire tutti i regali da lui ricevuti e tornare col figlio dal padre e dalla matrigna. Scacciata anche da loro, e ormai pentita della vita dissoluta fino ad allora condotta si avvicinò ai frati francescani di Cortona e nel 1277, dopo avere affidato ai frati di Arezzo il figlio, divenne terziaria francescana. L'anno successivo diede vita a una congregazione di terziarie che fu detta "delle Poverelle".

Benché il suo padre spirituale e agiografo Giunta Bevegnati ce la descriva come donna mistica e dalle frequenti estasi, Margherita fu anche una donna di azione, assidua nell'assistenza di giovani donne abbandonate e malate, molto ricercata per i suoi consigli, e partecipò in qualche modo anche alle vicende politiche che in quegli anni videro opporsi guelfi e ghibellini.

Nota ai tempi della sua convivenza con Arsenio come la "Dama di Montepulciano", Margherita non esitò a rivolgersi alle sue antiche frequentazioni, fondando la Confraternita di Santa Maria della Misericordia, una compagnia laicale per le dame che intendevano prendersi cura di poveri e ammalati.

Acclamata dal popolo come beata fin dalla sua morte, che avvenne il 22 febbraio del 1297, Margherita fu canonizzata nel 1728 da Benedetto XIII con l'appellativo di Nova Magdalena, ed è considerata patrona delle prostitute pentite, delle ragazze-madri, delle levatrici e degli orfani.

La sua vita, per molti versi romanzesca, ha ispirato anche un opera lirica e un film.