Juan de Ribera nacque a Siviglia il 27 dicembre 1532 dalla relazione extraconiugale di Pedro Afàn, duca di Alcalà e viceré di Catalogna e di Napoli con Teresa Pinelo. Dal matrimonio con Eleonora di Ponce Léon, don Pedro non aveva infatti avuto eredi, ed il piccolo Giovanni, rimasto tra l'altro ben presto orfano di madre, come spesso accadeva ai figli naturali (ma riconosciuti) e ai segundones (secondi figli maschi), fu destinato alla carriera ecclesiastica.

All'età di dodici anni era già chierico, avendo ricevuto la Prima Tonsura, ma come si addiceva al rampollo di una potente famiglia di nobili di Spagna, continuò gli studi umanistici iscrivendosi all'Università di Salamanca, dove conseguì la laurea in teologia. Ordinato sacerdote nel 1557, per cinque anni fu insegnante.

Nel 1562, con dispensa papale per la giovane età, grazie alla posizione del padre e su interessamento del re Filippo II, fu nominato vescovo di Badajoz. In realtà, più che le origini e le raccomandazioni, furono la solida formazione umanistica e lo zelo nelle opere di carità a convincere papa Pio IV a conferirgli questo incarico: una personalità come quella di Giovanni ben rispondeva alle esigenze della Chiesa della Controriforma, tanto più nella Spagna che solo da pochi decenni era stata liberata dalla dominazione araba.

La sua attività attività pastorale a Badajoz fu caratterizzata da una grande attenzione nei confronti delle parrocchie, che visitò tutte e ripetutamente di persona, dall'assistenza dei poveri e dalla energica gestione dei problemi sollevati dai moriscos, i mori convertiti più o meno forzatamente al cattolicesimo dopo la Reconquista.

Tanto zelo e tanta abilità spinsero papa Pio V, nel concistoro del 30 aprile 1568, a promuoverlo alla carica di Patriarca Latino di Antiochia (conferendogli così una autorità anche territoriale sui moriscos) e a nominarlo pochi mesi dopo arcivescovo della grande diocesi di Valencia.

A Valencia i moriscos rappresentavano quasi il 30% della popolazione, e benché fosse loro proibito di detenere beni immobili e di ricoprire cariche pubbliche (o forse proprio a causa di questo), erano molto attivi nel commercio, e formavano una comunità dinamica, ricca, e fondamentalmente ancora molto attaccata alla religione che era stata costretta ad abbandonare.

Giovanni curò, come sua abitudine già dai tempi di Badajoz, i rapporti con le singole parrocchie della sua diocesi, e si dedicò ad assistere i poveri. Parallelamente, al fine di contrastare i moriscos, incoraggiò le comunità religiose (ben 33 nuovi conventi sorsero nella diocesi), fece costruire molte chiese e fondò il Real Colegio Seminario del Corpus Christi. La sua predicazione fu talmente assidua e appassionata da fargli meritare l'appellativo di "perfetta immagine del predicatore evangelico".

A partire dal 1602, e sempre nell'ottica di tenere sotto controllo i moriscos, il re Filippo III gli conferì anche la carica di viceré di Valencia. Nella nuova, duplice veste di capo civile e religioso della città, Giovanni divenne uno dei massimi sostenitori della causa dell'espulsione, obbiettivo che fu raggiunto quando il 22 settembre del 1609 fu promulgato il primo decreto di espulsione dalla Spagna, riguardante appunto i moriscos di Valencia.

Juan de Ribera morì il 6 gennaio 1611, all'età di settantanove anni, nel seminario del Corpus Christi, dove aveva trascorso gli ultimi mesi della sua vita, e fu seppellito nell'adiacente chiesa monumentale, costruita anni prima dietro suo ordine.

Immediatamente acclamato come santo, venne dichiarato beato nel 1796, per poi essere infine canonizzato, da Giovanni XXIII il 12 giugno 1960.